שלב רביעי בחקר המקרא- "השערת המקורות"
השלב הבא בחקר המקרא התרחש כשלושים שנה אחרי אסטרוק, כשחוקר הגרמני ששמו הוזכר קודם, יוהאן גוטפריד אייכהורן (Johann Gotterfried Eichhorn), חקר לעומק סתירות וכפילויות בסיפורים אחרים שבספר בראשית. אייכהורן הפנה את הזרקור לכפילויות שישנן באשר למקור שם העיר "באר שבע", לכפל כריתת בריתות בין אברהם לאל, כפל "עשרת הדברות" שבספר שמות לעומת ספר דברים, ועוד. חידושו של יוהאן גוטפריד היה שהכפילויות והסתירות שמצא לאורך כל ספר בראשית הינן השתקפות של שתי מסורות שונות לסיפורים השונים, גירסאות הנמשכות לסירוגין לאורך כל ספר בראשית וחלקים אחרים בשאר חומשי התורה. תגליתו היתה שכל גירסה הכילה קבצי סיפורים שחלקם חופפים זו לזו, והוא נתן שם לכל מקור טקסטואלי ששובץ בתורה. לגירסה האחת הוא קרא "המקור "J, כלומר המקור היהוויסטי (Jehovist source) על פי השם "יהוה" המופיע בו, ולגירסה השניה הוא קרא "המקור E", המקור האלוהיסטי (Elohist source) על פי השם "אלהים" המופיע בו. אייכהורן פרסם את דבריו בספרו "מבוא לברית הישנה" ("Einleitung ins alte Testament") ובו הוא טען כי רוב הכתבים העבריים עברו כמה ידיים וכי לא משה כתב את התורה. אך יחד עם זאת הוא הודה כי אינו יודע מי בפועל כתב את התורה, תוך שהוא משער כי היה זה עזרא הסופר עליו נאמר (עזרא ז ו) "וְהוּא סֹפֵר מָהִיר בְּתוֹרַת מֹשֶׁה". וכך מתאר את אמנון בזק את פועלו של אייכהורן:
"את התאוריה של אסטרוק פיתח יוהאן גוטפריד אייכהורן, הנחשב לאבי המבוא המודרני למקרא, בספר שיצא לאור בשנים 1783- 1780. אייכהורך הרחיב ושיכלל את המאפיינים הספרותיים והרעיונים שבאמצעותם ניתן להבחין בין שני המקורות, גם במקומות שבהם לא ניתן להיעזר בחילופי שמות ה'. תחילה סבר גם אייכהורן שמשה הוא שאיחד בין שני המקורות הללו לחיבור אחד, אולם כבר במהדורה הרביעית של ספרו חזר בו מהנחה זו"[1].
המשכו של שלב זה בחקר המקרא נעשה על ידי המלומד הרמן הופפלד (Herman Hupfeld) שחי בין השנים 1796- 1866. בספרו "בחינה מחודשת של מקורותיו ספר בראשית" (Die Quellen der Genesis von neuem untersucht) שנכתב בגרמנית ובו רוכזו הסיפורים ה"אלוהיסטים", סיפורים שבהם מופיע "אלהים" כשמו של האל, וגילה שגם בהם, ישנן כפילויות וסתירות. במילים אחרות, הוא גילה, כי המקור האלוהיסטי עצמו בעצם מורכב משתי תעודות נפרדות. השמות שנתן להם היה E1ו- E2. עוד הוא גילה כיE1 הינו מקור עצום ורחב הקף, המקיף רק הוא לבדו חצי מהתורה, בעוד ששאר המחצית השניה של התורה מתחלקת בין כל שאר המקורות. כמו כן גילה כי E1 מאופיין בהתעניינות רבה בענייני הפולחן, הַמִּשְׁכָּן והקורבנות. מסקנתו היתה כי העומדים מאחרי מקור זה היו כהנים. אותו מקור בשם E1 קיבל מאוחר יותר את השם "המקור הכהני", או "ספר כהנים" (המוכר גם בקיצור ס"כ או "מקור P" מהמילה Priests) וזאת אל מול "המקור האלוהיסטי" שקיבל את השם הזמני E.
לסיכום, עד ימי הרמן הופפלד, באמצע המאה התשע עשרה, התגלו רק שלושה מקורות לתורה, הכהני, האלוהיסטי והיהויסטי[2]. כמו כן התברר עד כה כי למקור האלוהיסטי, בניגוד לשאר המקורות שהתגלו עד אותו שלב, אין סיפור בריאה והמקור האלוהיסטי עצמו מתחיל רק עם סיפורי אברהם אבינו.